YouTubeで埋込みコードをそのまま貼り付けた場合、マウスオーバー時にFlash(swf)の下にプルダウン式ナビが隠れてしまいます。
この場合”transparent（透過）”させて表示すると解決します。
YouTubeの古い埋込みコード「<object><embed>」・・追加するタグ
<param name="wmode" value="transparent"> ※<object> wmode="transparent" ※<embed>
YouTubeの埋込みコード「<iframe>」・・解決策
埋込みコードが<iframe>に変更後はIEで確認するとナビが動画の下に隠れてしまいます。
この場合は以下のようにパラメータを追加すればOK
YouTube埋込みコード・・<iframe>コード内のURLの後にパラメータを追加
→ 「?wmode=transparent」
<iframe width="560" height="349" src="http://www.youtube.com/embed/sWkXARVk2-k?wmode=transparent" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>
サンプル画像・・YouTube埋込みコード <iframe>ナビが隠れた状態
サンプル画像・・YouTube埋込みコード・・<iframe>「?wmode=transparent」追加後
参考） YouTubeのiframe版埋め込みコードでもwmodeを有効にする